El equipo nació en la conmemoración de la gesta libertaria, un grupo de jóvenes entusiastas liderados por Miguel Muñoz, sastre y evangelista, junto a José Pinto, contador de una fábrica de destilación, en el barrio de San Sebastián, el segundo más antiguo de Quito, fundan el Club Deportivo, Social y Cultural Excélsior, el 10 de agosto de 1957.
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Sesenta y seis años han pasado desde que se inscribieron en la Liga Barrial de San Roque, para luego establecerse en la Liga de San Sebastián hasta la década de los ochenta. El equipo conformado por amigos de barrio tomó el nombre de la fábrica La Excélsior que elaboraba el popular licor ‘El Fundador- Mallorca de Barril’ más conocido como ‘guagua montado con chuchuguaza`, La empresa se ubicaba en el Sapo de Agua, en la esquina de las calles Loja y Quijano.
El Club ha subsistido por el compromiso, dedicación y cariño de amigos, hinchas y entusiastas, pero sobre todo por varias familias que convivían en el sector. Hablar de Excélsior es hablar de Araúz, Araque, Miranda, Yánez, apellidos que han persistido a través del tiempo con más de tres generaciones que siguen cultivando el amor por el equipo.
A finales de la década de los setenta, en Excelsior se genera una crisis: pierden la cancha, suspende la Liga de San Sebastián, los jugadores se dispersan y buscan otros clubes, pero la tradición y pasión de una nueva generación retoma las riendas del equipo y con el apoyo de varios fundadores reescriben un nuevo capítulo futbolístico en Liga Barrial Municipal, donde en el 2009 consiguen su primer campeonato en categoría máxima.
Sus colores tradicionales negro y blanco siguen flameando entre victorias y derrotas, lágrimas y alegrías que trazan un andamio seguro para que las nuevas camadas afloren un sentimiento tan fuerte y vigente para gritar ¡Excélsior por siempre!